Fiji ImageJ HASTER

Du kan bruge Fiji eller ImageJ. Hvad skal du finde ud? Og hvad har du der? Er det en kolokalisationsstudie, dvs. to billeder af forskellige fluorophorer? Eller skal du finde intensiteten i forskellige områder?

Hej Trekdoor

Jeg benytter mig af Fiji, har transfekteret celler og har dem i 2 forsjellige farve, nu har jeg sæt dem sammen og splittet dem i programmet. skal finde forskellen mellem transfekteret celler og ikke transfekteret celler. skal sammenligne deres mean i forhold til transfekteret og ikke transfekteret. 

har bare svært ved at se hvad for en er transfekteret og ikke er transfekteret. 

Hej Martin,

Du har et billede i rød og et i grøn. I den grønne kanal kan du se alle cellerne, der kan findes, så er det måske ikke transficeret, bare stained (eller farvet) med et almindlig fluorescens- celle-farvestof. Så er der mindre antal cellerne i den røde kanal, og det er denne, de er faktisk transficeret. Hvis du splitter kanalerne ikke op eller sæt dem sammen i en stack (se på menuen image -> stack -> image to stack), så kan du ved skift mellem de to 'channels' se, hvilken er farvet i rød og hvilken ikke (se image vedhæftet). Og så kan du zoome ind og se på de i begge kanaler og finde forskellen.
Jeg kan ved dit uskarpe skærmbilledet ikke se noget i første omgang, men det kan være, at der findes forskellige 'inder-struktur' eller er lidt opblæst eller... alt muligt. Prøv at kikke på mitochondria eller golgi-apparatus, i hvert fald tæt ved kernemembranen, der er transfektion højest.
Til dokumentation kan du også klippe enkelte celler ud og har dem i en word fil ligger tæt ved hinanden, so kan du fremvise det.

Jeg håber at det kunne hjælpe.

Hilsner T.

her er billedet.

nå, det accepterer ikke tif filerne... så kommer zip i stedet.

Hej M,

detaljerne af billeder er ikke nok god til at genkende noget det kunne diskuteres.

Men ellers prøve at tænke det hele igennem: Hvad er transfektions-agent? Kunne det være at transfektionseffiziensen er bare så lavt pga specielle celletyper eller pga. af transfectionen selv? Hvad er det det skulle blive transficeret (i.e. hvilken celleorganellere skulle rammes og kan man se det på billederne i forhold til de to farvende billeder (kik på cellerne det er transficeret i i begge kanaler og se på orgeaneller))?

Der er alt for mindst infromationer om det hele at man kan gå ind i diskussionen om alle de punkter, jeg har nævnt.

Hilsner T.