RK-hjælp

Ok lad os starte med at kigge på pYES2-GFP. Der er i alt 6582. Det har 2 skræringspunkter for EcoRV (markeret med rødt. Det første ved bp: 562 det andet ved bp: 4152. Når du skærer vil du så få 2 strenge. et der indeholder 563-4152 (indeholdende 3590bp) og et der indeholder 4153-562 (husk at de er runde så man definerer et sted til at være 1.) (indeholdende 2987bp).

Det samme gælder (dog andre strenge) hvis du skærer med SpeI.

Det må du undskylde troede at du skulle opstille for hvert restriktionsenzym men det er bare mig der ikke kan finde ud af at læse.

Hvis vi tager bund i det jeg skrev før og så derefter klipper med speI i de 2 foregående fragmenter så ser vi at der skæres 2 gange i strengen gående fa 4153-562.

Så vi bibeholder altså den ene streng (563-4152 indeholdende 3590 bp) og laver så 3 nye strenge:

Det ene går fra 526 til og med 562 altså det er 37 basepar langt. Den næste går fra 6578 til og med 525 (530bp). Så er der den sidste som går fra 4153 til og med 6577. den er altså:2425bp lang.

Jeg forstår det stadig ikke. Hvordan kan du sige: 563-4152 og 4153-562, hvad betyder det du har skrevet om at de er runde så man definerer et sted til at være 1?

Hvorfor siger man ikke: 6577-562? Det vil give mere mening

Du har et cirkulært plasmid. Det indeholder i alt 6582 basepar. Tænk på det som en hulahop ring. Så tager du en saks og der er 2 steder du kan klippe med saks nr. 1. Det er lige efter base nr. 562 og lige efter base nr. 4152. Dette vil skære din hulahop ring i 2 stykker. Det ene stykke vil gå fra lige efter 562 (altså fra base par 563) til og med base par 4152. Dette er i alt 3590 base par. Det andet stykke går fra lige efter base nr. 4152 (4153) til og med 562. Dette er i alt 2987 base par.

Er vi enige så langt?

Hmm ikke helt, jeg forstår ikke det med 563 (hvorfor lægger du 1 til?) og 4153?

Hvis du siger den klipper ved bp 562 skæres der mellem 562 og 563 så altså der skabes et plasmid indeholdende 562 og et indeholdende 563.