Baserækkefølge

Kan du ikke lægge det op du har svaret på foregående opgave for hvis du har svaret ordenligt på den så burde det være til at løse denne.

 Men det du skal gøre er at du skal se på sekventeringsgelen og så se hvilke nukleotider der er tilstede. (læs nedefra da du så starter med 5' enden.) Når du så har aflæst sekventeringsgelen skal du have oversat til det egentlige DNA. Det gøres ved at lave den komplementære streng til den som du har aflæst på gelen. (altså A<=>T, C<=>G, og 3'<=>5')

har skrevet:

Nede i hvert af de fire reagensglas denaturerer man nu DNA’et, og anvender kun den egne streng. Dette gør man ved at varme DNA’et op til ca. 90º igen. Herefter påsætter man en primer (TTGT) på DNA’et.  Primeren fungerer som et startsignal for DNA-polymerasen, som er et enzym, der ved replikationen danner en kopi af DNA-sekvensen, ved at sætte frie nukleotider på de to enkeltstrengede DNA-stykker.
Man tilsætter udover de almindelig nukleotider og enzymet DNA-polymerase også dideoxnukleotiderne (ddATP, ddGTP osv), der stopper polymeriseringen pga. det manglende ilt-atom på carbonatom 3. Der vil f.eks. i det første glas både være tilsat adenin-dideoxynukleotider og almindelige adenin-nukleotider. Ved påsætningen af baser, vil der derfor i nogle tilfælde blive sat et almindeligt deoxynukleotid overfor thymin, mens der i andre tilfælde vil blive sat et dideoxynukleotid på. Princippet er det samme for de andre glas. I de tilfælde hvor der bliver sat et dideoxynukleotid på stopper processen. Resultatet af PCR-metoden og denatureringen bliver derfor en meget stor mængde DNA i forskellige længder.
Hvis vi f.eks. tager reagensglasset, hvor vi har tilsat ddATP. Her vil dideoxnukleotiderne, der til forveksling ligner basen adenin, sætte sig overfor de tre thymin. På tegningen ses det at der dannes fire forskellige længder af DNA i det første glas tilsat ddATP. Vi kan derfor konkludere, at der er fire thymin-baser og derved fire mulige ”pladser” adenin kan binde sig til.
DNA er negativt ladet, så når DNA’et anbringes i hver sin brønd i en gel i et elektriskfelt, vil det, når der sættes strøm til, vandre gennem gelen mod den positive pol. Gelen består af mikroskopiske porer, der derfor danner et slags filter. DNA’et er pga. dideoxynukleotiderne i forskellige længder, hvor de mindste stykker bevæger sig lettest igennem filteret.
DNA-stykkerne vil ligge som et båndmønster efter et stykke tid. Båndmønsteret vil afsløre sekvensen af baserne i det pågældende DNA.

Men det jeg ikke helt forstår er om det er det aller sidste billede eller det andet sidste billede man skal kigge på? (:

Der er flere småfejl i det du skriver men mange af dem vil din lærer nok ikke fange. Der er dog nogle ting jeg gerne lige vil pointere:

1. Når du skriver en DNA sekvens (5'-TTGT-3') skal der altid være 5' og 3' på. (og en lille sidenote, som du også har gjort: Skriv altid 5' enden længst til venstre, ikke fordi det andet er forkert men fordi det er konventionen og den vej nye strenge syntetiseres)

2. Primeren som du skriver i parentesen er alt for lille (skal normalt være 17-35 nt). Jeg ved godt at de har vist en lille primer i opgaven men det er forhåbentlig grundet pladsmangel.

3. Man bør næsten skrive at dXTP og ddXTP tilføres i et forhold så der gennemsnitligt sker en indkorperering af ddXTP pr. fulde streng. 

Det er den sidste gel du skal bruge. I den første er der bare tilsat noget farve så du har en idé om du kan slukke elektroferese apparatet hvorimod den sidste er et autoradiography af gelen hvor radioaktiviteten er målt.

Tusind tak for alt den hjælp!!

Vil det så sige at jeg aflæser basesekvensen til?
 

TTGT GTACG

=> AACA  CATGC ?

hvor den nederste er sensestrengen?

Du kan ikke vide om det er sense strengen men jeg tror du mener det rigtige altså at det er den ukendte sekvens du prøver at finde. Jeg får det samme som dig men husk 5' og 3' ende !!

åh ja selvølgelig!

Så:
5' TTGT GTACG 3'
3' AACA CATGC 5' 
 

Præcis så svaret er altså 3'AACA CATGC 5'.

Dog ville jeg skrive den op med 5' først (i følge læseretning) altså:

5' CGTACACAA 3', Først og fremmest fordi det er konventionen men også fordi det giver mening rent mekanisme mæssigt da en DNA/RNA streng syntetiseres 5' -> 3'.

ja okay, skal nemlig også finde aminosyresekvensen, og var i tvivl om hvilken retning jeg skulle starte ;) Men igen tusind tusind tak! det har virkelig hjulpet!!