peptid

Først skal man måske forklare hvorfor man ikke bare kan seperere proteiner på en almindelig elektroferese gel på størrelse ligesom fx DNA. Hvor DNA har en uniform ladning pr. nukleotid pga. dets phosphat backbone, så har proteiner en sammensætning af forskellige aminosyrer som ikke nødvendigvis har samme ladning. Altså du kan ikke forvente at 10 tilfældige aminosyrer har samme ladning hver gang, hvorimod 10 tilfældige nukleotider altid har samme ladning. Vi vil altså på en almindelig gel kun adskulle på mobilitet hvilket relateres til både ladning og hydrodynamisk* størrelse. Hvad så hvis vi kun vil kigge på størrelsen? Så bruger vi SDS.

*Hydrodynamisk størrelse betyder bare den størrelse som noget har i vand.

SDS giver en peptidkæde en uniform ladning pr. aminosyre. Det betyder som sagt at det er muligt at seperere på ladning.