"Nukleotid excision" og "homolog/non-homolog rekombination"

Homolog rekombination: rekombination med overlap i sekvens

Non-homolog rekombination: Rekombination uden overlap i sekvens

Nukleotid excision repair fungerer fx ved dannelse af pyrimidine dimer. Først skæres et fragment ud indeholdende fejlen (fx pyrimidine dimeren) dette er omkring 12 nukleotider. Hullet bliver fyldt ud af DNA polymerase 1 og lukkes med en ligase. Her bruges bare den modsatte streng som template, og der sker ingen rekombination.

DNA polymerase 1, er det den som kaldes repair DNA polymerase ? 

Forstår godt din forklaring. Mit problem er bare at vi fra lærens side har fået opstillet 4 typer repair. (og i bogen er der ingen sådan opstilling overhovedet!!) 

1, Proofreading. Fint nok

2. Mismatch. Fint nok 

2. base excision. - Hvad er så det. 

3 Nukleotid excision. Fint nok (som du har forklaret)

Men metoder for dobbelstrenget brud kan jeg ikke placere ved ovensående ? 

Base excision fungere meget som nukleotid excision men her skæres en base bare ud i stedet for en nukleotid.

Til dobbeltstrengsbrud bruges normalt rekombination eller rekombinationslignende reperationsmekanismer.

Jeg ved ikke hvilken bog I bruger, men i Stryer's biochemistry er det meget godt beskrevet (mener det er lige omkring kapitel 30, ihvertfald i den blå udgave)

Hmm .. Bruger til dette the cell (eller den mindre udgave "essentials").

Men tror ikk jeg er med .. Vil det sige at dobbelstrenget brud ikke er taget i betragtning i de 4 mekanismer? 

Det var dog en forfærdelig bog til biokemi. I et grundlæggende biokemi fag som det du tager burde underviseren kun have et valg mellem lehningers og stryers bog...Man skal aldrig bruge en bog med så meget tekst som the cell har, til et introduktionsfag...Nå men reparationsteknikker:

Proof reading kender du formentligt mekanismen på og ved at den ikke kan reparere dobbelstrengsbrud.
Jeg har forklaret nukleotide excission og den kan ikke reparere dobbeltstrengsbrud, og da base excission bruger en meget lignende mekanisme kan den heller ikke. Mismatch repair reparerer mismatch (igen med en mekanisme der grundlæggende ligner excission teknikkerne) og den kan heller ikke reparere dobbelstrengsbrud.

Vi skal over i rekombinationsteknikkerne og rekombinationslignende teknikker for at finde en mekanisme der kan reparere dobbeltstrengsbrud