Elektroforese

Snakker du en SDS-PAGE? Eller bare generelt?

De store molekyler vandrer ved en lavere hastighed end de små. Alle molekylerne begynder i toppen (ved brønden - det samme, som Stryer's eksempel) og vandrer mod bunden. Det er du med på, ikk? Så når de små bånd er nået bunden, slukker man for strømmen til gelen, og båndene (molekylerne) vil holde op med at vandre pga. der ikke længere er det elektriske felt over gelen. Derved er de små nået længere end de store.

Grunden til at de store er længere tid om at vandre igennem gelen er, at acrylamiden/agarosen er stiv, hvorved det er svært at trænge igennem den. Jo højere acrylamid/agarose-koncentration der er i gelen, jo sværere er det at trænge igennem gelen.

Eller tænker du lidt mere kompliceret med en gradientgel, der består af en stacking gel og en seperationsgel?

Yes, jeg er med på at differencen i migrationen på gelen svarer til den stigende difference af størrelsen af makromolekylerne.
Men hvis du/man kigger på en (f.eks.) SDS-gel så vil du lægge mærke til at alle bånd i toppen er kompresserede, dvs. selv om man har molekyler på f.eks. 10, 20, 30, 40, 50 kDa, så vil de i en vandret SDS-PAGE ligge som følgende:

| | | ||

Hvis man forestiller sig toppen at være mod højre.

Aha :) Det er dét, du spørger til ;)
Godt så..
Så er det fordi der er en eksponentiel sammenhæng mellem størrelsen for fragmentet og deres vandringsdistance.

Som Stryer siger:
"The mobility of most polypeptide chains under these conditions is linearly proportional to the logarithm of their mass".

Eller som Hartl, Daniel L. i "Genetics, analysis of genes and genomes" siger: "A linear double-stranded DNA fragment has an electrophobic mobility that decreases in proportion to the logarithm of its length in base pairs - the longer the fragment, the slower it moves."