DNA

Ved elektroforese trækkes molekylerne gennem en gel ved hjælp af deres elektriske ladning. DNA har en negativ ladning pga de negative phosphat ioner der er med til at danne backbone på DNA kæden. DNA trækkes derfor mod plus elektroden som er placeret i den modsatte ende af gelen ift brøndene hvor prøven er tilsat.

DNA molekylerne bevæger sig gennem nogle små porer der er i gelen, og størrelsen på disse porer er afhængigt af hvor mange % agarose eller lign der er i gelen. Jo større molekylerne er jo mere besværligt er det for dem at bevæge sig gennem de mange porer, og dermed bliver de separeret i forhold til deres størrelse, hvor de mindste molekyler bevæger sig længst og de største molekyler kortest.