Biologi
Promoter?
10. februar 2006 af
krelle (Slettet)
Jeg håber der er nogle cellebiologer tilstede? Jeg har lidt af et definitionsspørgsmål:
Ifølge min lærebog fra et cellebiologisk grundkursus gælder der at en promoter er: "A nucleotide sequence in DNA to which RNA polymerase binds to begin transcription".
Men så kommer spørgssmålet. Jeg har nu læst en del artikler hvor man snakker om en promoter hvori der binder forskellige regulatoriske proteiner, men denne findes nogle gange flere hundrede bp upstream fra transkriptionsstart, og man snakker desuden om proximal og distal promoter. Men det kan da ikke passe at DNA polymerasen binder så langt upstream, og breder sig over sådan et stort område som de giver udtryk i artiklerne at det gør(vist helt op til 1 kb). Er der rod i definitionerne, eller har jeg ikke fattet princippet?
Håber der er nogle der kan svare. Gymnasieelever er også meget velkomne hvis de kan mener jeg er blank, og de kan lære en ussel medicinstuderende noget cellebiologi..?
Christian.
Ifølge min lærebog fra et cellebiologisk grundkursus gælder der at en promoter er: "A nucleotide sequence in DNA to which RNA polymerase binds to begin transcription".
Men så kommer spørgssmålet. Jeg har nu læst en del artikler hvor man snakker om en promoter hvori der binder forskellige regulatoriske proteiner, men denne findes nogle gange flere hundrede bp upstream fra transkriptionsstart, og man snakker desuden om proximal og distal promoter. Men det kan da ikke passe at DNA polymerasen binder så langt upstream, og breder sig over sådan et stort område som de giver udtryk i artiklerne at det gør(vist helt op til 1 kb). Er der rod i definitionerne, eller har jeg ikke fattet princippet?
Håber der er nogle der kan svare. Gymnasieelever er også meget velkomne hvis de kan mener jeg er blank, og de kan lære en ussel medicinstuderende noget cellebiologi..?
Christian.
Svar #1
18. februar 2006 af Dr. MolBio (Slettet)
Hej, jeg tror desværre at du har blandet nogle forskellige ting sammen.
En promotor er rigtigt nok et regulatorisk gen, hvorpå der kan bindes regulatoriske proteiner. Men disse ligger som regel ca. 20-30 bp (opstrøms) fra initieringsstedet.
Men det du sikkert snakker om er enhancere, som ligger meget langt væk fra initieringsstedet. Disse kan ligger op til 2kb væk enten opstrøms eller nedstrøms eller enddan midt i genet! Enhancere kan danne såkaldte loop formationer til promotor-regionen, sådan at der er større affinitet til DNA polymerasen.
Jeg tror at det kun er jer medicin-folk som bruger ordene proximal og distal, i molekylærbiologisk sammenhæng hedder det enten upstream eller downstream for et eller andet (som fremkommer af konteksten).
Håber at det var forståeligt.
En promotor er rigtigt nok et regulatorisk gen, hvorpå der kan bindes regulatoriske proteiner. Men disse ligger som regel ca. 20-30 bp (opstrøms) fra initieringsstedet.
Men det du sikkert snakker om er enhancere, som ligger meget langt væk fra initieringsstedet. Disse kan ligger op til 2kb væk enten opstrøms eller nedstrøms eller enddan midt i genet! Enhancere kan danne såkaldte loop formationer til promotor-regionen, sådan at der er større affinitet til DNA polymerasen.
Jeg tror at det kun er jer medicin-folk som bruger ordene proximal og distal, i molekylærbiologisk sammenhæng hedder det enten upstream eller downstream for et eller andet (som fremkommer af konteksten).
Håber at det var forståeligt.
Skriv et svar til: Promoter?
Du skal være logget ind, for at skrive et svar til dette spørgsmål. Klik her for at logge ind.
Har du ikke en bruger på Studieportalen.dk?
Klik her for at oprette en bruger.