Lidt hjælp!

Hej! jeg er lige igang med at lave min aflevering til i næste uge og jeg er færdig med den lige bortset fra en opgave som jeg slet ikke ved hvor jeg skal begynde så jeg vil lige høre om der ikke er nogen f jer som kunne hjælpe mig med den.

på forhånd tak!

opgave)
Et protein er opbygget af aminosyrer i en lang kæde, en polymer"backbone". Aminosyrerne
er bundet sammen vha. peptidbindinger (-CONH-, også kaldt amidbindinger).

Peptidkæden er kendetegnet ved at aminosyreresterne hver for sig udspænder og ligger i et plan der har en bestemt orientering i forhold til naboaminosyreresten( erne). Aminosyreresterne har drejelighed (ikke fri, men principiel rotationsmulighed) omkring en N-C_alfa binding (vinkel ø) og en C_alfa -C-binding (vinkel y). Størrelserne af disse vinkler for hver aminosyrerest bestemmer i høj grad proteinets konformation og foldning.
Vi vil nu undersøge mekanismer for en sådan proteinfoldning idet vi undersøger om et protein kan foldes til en bestemt konformation alene ved blot at "teste forskellige konformationer i tilfældig rækkefølge (random)": Antag vi ser på en peptidkæde med n aminosyrerester. Lad hver af vinklerne ø og y have 3 stabile tilstande (et kraftigt underestimat ).

1) Hvor mange stabile konformationer kan n-peptidkæden have?

Antag at peptidkæden kan teste 1013 konformationer pr. sekund (kraftigt overestimat ).

2) Undersøg foldningstiden for en peptidkæde med n = 4, n = 50 og n = 100. Beregn foldningstiden i sekunder og i år.

3) Hvorfor kan det tænkes at resultatet af denne opgave kaldes et paradoks (hint: se på foldningstiden for n=100)?

4) Tror du et protein kan finde sin "rigtige" konformation alene ved at "prøve sig tilfældigt frem" ?