Biologi
shotgun sekventering
Nogle der kan forklare mig hvad det vil sige at lave hierakisk shotgun eller whole-genom shotgun sekventering?
På forhånd mange tak:)
/quillity
Svar #2
04. april 2010 af melina123 (Slettet)
Hej. Her er mit bedste bud.
Shotgun sekventering: Man sekventerer overlappende stykker af DNA og prøver at få disse lagt i rækkefølge. Der skal dog sekventeres mange gange, da selv de største vektorer (BAC) ikke kan indeholde ret mange basepar. Der finde to former:
1. Hierarkisk (shotgun) strategien: Er afhængigt af fysiske/ genetiske kort, langsom proces, nemmere strategi, færre kloner og mere sikkert resultat. Det genetiske materiale klippes i mindre stykker og sættes ind i BAC-vektorer (kan rumme 100-500.000 bp) og videre i et BAC bibliotek. Herefter organiseres disse i store enkelt kloner. Disse klippes igen til endnu mindre ”shotgun”-kloner, som sekventeres. Til slut sorteres disse således at overlapningerne fjernes og resultatet er en færdig sekvens.
2. Whole genome shotgun strategien: Hurtigere strategi, mange kloner, kræver stor computerkraft, dog mere usikkert resultat (oftere risiko for fejlplacering af sekvenser). Bryder hele genomet (= alle kromosomerne) op i mange stykker af forskellige størrelser (dvs nogle i plasmavektorer andre i BAC vektorere). Sekventerer det hele og benytter computer algoritmer til at samle dem. Resultatet er en færdig sekvens. Denne strategi bruges i dag.
Med venlig hilsen Melina
Skriv et svar til: shotgun sekventering
Du skal være logget ind, for at skrive et svar til dette spørgsmål. Klik her for at logge ind.
Har du ikke en bruger på Studieportalen.dk?
Klik her for at oprette en bruger.