Restriktionsanalyse af pladsmider

b. Restriktionsenzymerne klipper plasmiderne op, der hvor illustrationen angiver det. Nedenfor kan man så se, hvordan en gelelektroforese med det opklippede plasmid efter tilsætning af de ENKELTE restriktionsenzymer ser ud. Jeg regner med, du ved hvordan en gelelektroforese fungerer...

Her ser vi, hvilket er ganske logisk at gelelektroforesen af pBR 322 med enten Hind III eller EcoR I får præcis det samme resultat. Dette skyldes, at restriktionsenzymet i begge prøver kun har klippet det ringformede plasmid op et sted, hvilket gør at begge DNA-fragmenter bliver præcis lige lange (ca. 4361 basepar, da hele plasmiedet bestod af dette antal, men fordi restriktionsenzymet virker ved at bryde et vist antal (ofte 5-6 basepar), vil antallet af basePAR være lidt lavere).

Tilsættes de to restriktionsenzymer enkeltvis til pBR 508, bliver resultatet af gelelektroforesen en smule anderledes: Da der her er TO steder, hvor restriktionsenzymerne, hver i sær, kan klippe plasmidet op, vil der fremkomme to streger i hver af de to gelelektroforeser. Hvor EcoR I bruges vil der dannes 2 fragmenter på henholdsvis ca. 5900 basepar (kigger her på klippestederne og regner...) og 7300 - 5900 = 1400 basepar. Ser vi på elektroforesen passer dette fint. Hvor Hind III tilsættes, dannes der også to fragmenter (igen ved at kigge på klippestederne, men nu for restriktionsenzymet Hind III) med en længde på henholdsvis 6400 - 1250 = 5250 basepar og 7300-5250 = 2050 basepar. Kigger vi på elektroforesen ser vi at dette passer perfekt. Således opgave b.

C. Klippedes udelukkende med restriktionsenzymet Pst I ville plasmidet pBR 508 igen dannes et DNA-fragment på ca. 4361 basepar, da vi igen ser at Pst I kun klipper ET sted.

I plasmid pC 508 ser vi at Pst 1 vil kunne klippe 2 steder, og vi ved derfor, at der vil dannes to fragmenter med denne længde: 6400 - 4800 = 1600 basepar og et fragment med længden 7300 - 1600 = 5700 basepar.

Hurra for det!

Tak for det, Zipzap. Det var jo vildt simpelt faktisk! Jeg troede, man skulle gøre noget helt andet end blot at aflæse og fortælle det der :s Men okay, nu husker jeg det fremover! Igen tak :)

er der nogen som kan opgave a?

#1

C. Klippedes udelukkende med restriktionsenzymet Pst I ville plasmidet pBR 508 igen dannes et DNA-fragment på ca. 4361 basepar, da vi igen ser at Pst I kun klipper ET sted.

I plasmid pC 508 ser vi at Pst 1 vil kunne klippe 2 steder, og vi ved derfor, at der vil dannes to fragmenter med denne længde: 6400 - 4800 = 1600 basepar og et fragment med længden 7300 - 1600 = 5700 basepar.

Hurra for det!

Du har noteret forket i opgave 6c angående plasmid pC 508. Pst 1 klipper 2 steder. Nemlig ved basepar nr. 4800 og basepar nr. 6650. Jeg forstår slet ikke hvordan du aflæser et klippested ved basepar nr. 6400. Hind 3 klipper ved basepar nr. 6400, men det er underordnet i opgave c, hvor det KUN handler om Pst 1. 
Du har de to klippesteder, nemlig 6650 og 4800. Træk disse to klippesteder fra hinanden, og dermed får du DNA-fragmentet mellem de to klippesteder. Dvs. 6650 - 4800 = 1850 basepar. Det andet DNA-fragment finder du ved at trække 7300 fra fragmentet du har lige har beregnet. Dvs. 7300 - 1850 = 5450. Sammenlign disse to fragmenter med figur 1, evt. aflæse afstandene, og du ser, at det stemmer overens. 

Dermed har du løst opgave C.