Biologi
Lambda-DNA i gelelektroforese?
16. februar 2005 af
_Mary_ (Slettet)
Hej..
Jeg har mellemniveau-biologi i 3.g og vi har lavet forsøg med plasmidet pUC19, som vi har oprenset, skåret med restriktionsenzymer og derefter sat i gel-elektroforese. Vi har også nogle andre prøver. I gelektroforesen har vi påsat prøverne således:
Brønd 1: Markør (lambda-DNA skåret med Hind III)
Brønd 2: Plasmid-DNA skåret med ecoRI(ecoRI er et restriktionsenzym)
Brønd 3: Lambda-DNA skåret med ecoRI
Brønd 4: Uskåret plasmid-DNA
Formålet har så været at sammenligne baseparet fra plasmid-DNA'et med de andre prøver. Da vi kender antallet af markørens basepar forstår jeg godt at vi kan bruge det til at finde plasmidets basepar (som vi egentlig godt ved er 2686 bp). Men jeg forstår ikke hvad lambda-DNA'et er, og hvad det skal bruges til. Det er rimelig vigtigt da det er med i en af brøndende, og da selve markøren er lambda-DNA som er skåret med Hind III. En af opgaverne lyder: Hvad er lambda-DNA? Og hvor mange bånd/fragmenter forventer man at kunne se i de 4 brønde? Det er altså mest prøverne i brønd 3 og 4, hvor jeg ikke forstår hvad de skal bruges til. Jeg håber virkelig der er nogen der har forstået noget af alt det jeg nu har skrevet og som vil hjælpe mig..
Jeg har mellemniveau-biologi i 3.g og vi har lavet forsøg med plasmidet pUC19, som vi har oprenset, skåret med restriktionsenzymer og derefter sat i gel-elektroforese. Vi har også nogle andre prøver. I gelektroforesen har vi påsat prøverne således:
Brønd 1: Markør (lambda-DNA skåret med Hind III)
Brønd 2: Plasmid-DNA skåret med ecoRI(ecoRI er et restriktionsenzym)
Brønd 3: Lambda-DNA skåret med ecoRI
Brønd 4: Uskåret plasmid-DNA
Formålet har så været at sammenligne baseparet fra plasmid-DNA'et med de andre prøver. Da vi kender antallet af markørens basepar forstår jeg godt at vi kan bruge det til at finde plasmidets basepar (som vi egentlig godt ved er 2686 bp). Men jeg forstår ikke hvad lambda-DNA'et er, og hvad det skal bruges til. Det er rimelig vigtigt da det er med i en af brøndende, og da selve markøren er lambda-DNA som er skåret med Hind III. En af opgaverne lyder: Hvad er lambda-DNA? Og hvor mange bånd/fragmenter forventer man at kunne se i de 4 brønde? Det er altså mest prøverne i brønd 3 og 4, hvor jeg ikke forstår hvad de skal bruges til. Jeg håber virkelig der er nogen der har forstået noget af alt det jeg nu har skrevet og som vil hjælpe mig..
Svar #1
16. februar 2005 af 1. Charlotte (Slettet)
Okay, jeg kan hjælpe med en del tror jeg (bioteknologistuderende...)
Jeg lavede noget lignende i gymnasiet, bare på højniveau biologi..
Men i hvert fald er der følgende sammenhæng:
Restriktionsenzymerne (HindIII, EcoRI) er fra en bakterie, som benytter disse restriktionsenzymer som et naturligt forsvar mod bakteriofager (som æder bakterier). Lambda-DNA'et I benytter er fra en bakteriofag. Altså bruger I restriktionsenzymer, der er "målrettet" mod at fragmentere DNA fra Lambda (bakteriofagen hedder Lambda). Restriktionsenzymerne klipper DNA'et over på de steder, hvor der findes en bestemt baserækkefølge, som genkendes af enzymerne. Restriktionsenzymerne vil i princippet klippe over i alle DNA-stykker, uanset hvor DNA'et stammer fra, bare de kan genkende de bestemte basesekvenser, der skal til for at de "aktiveres" og klipper.
Afhængig af, hvor ofte denne baserækkefølge findes, vil der dannes DNA-fragmenter efter størrelse. Fragmenterne er altså ikke lige store, og det er derfor de ikke vandrer lige langt i gelen.
Brønd 4 er uskåret DNA, dvs. der ikke har været tilsat restriktionsenzymer. Dette DNA-fragment regner jeg ikke med har vandret så langt. Når det nu er uskåret er det et stort fragment, som vandrer langsommere end de små fragmenter. Da elektroforesen køres på tid, vil de største fragmenter være vandret kortest. Prøv at sammenlign brønd 2 og 4.
Jeg lavede noget lignende i gymnasiet, bare på højniveau biologi..
Men i hvert fald er der følgende sammenhæng:
Restriktionsenzymerne (HindIII, EcoRI) er fra en bakterie, som benytter disse restriktionsenzymer som et naturligt forsvar mod bakteriofager (som æder bakterier). Lambda-DNA'et I benytter er fra en bakteriofag. Altså bruger I restriktionsenzymer, der er "målrettet" mod at fragmentere DNA fra Lambda (bakteriofagen hedder Lambda). Restriktionsenzymerne klipper DNA'et over på de steder, hvor der findes en bestemt baserækkefølge, som genkendes af enzymerne. Restriktionsenzymerne vil i princippet klippe over i alle DNA-stykker, uanset hvor DNA'et stammer fra, bare de kan genkende de bestemte basesekvenser, der skal til for at de "aktiveres" og klipper.
Afhængig af, hvor ofte denne baserækkefølge findes, vil der dannes DNA-fragmenter efter størrelse. Fragmenterne er altså ikke lige store, og det er derfor de ikke vandrer lige langt i gelen.
Brønd 4 er uskåret DNA, dvs. der ikke har været tilsat restriktionsenzymer. Dette DNA-fragment regner jeg ikke med har vandret så langt. Når det nu er uskåret er det et stort fragment, som vandrer langsommere end de små fragmenter. Da elektroforesen køres på tid, vil de største fragmenter være vandret kortest. Prøv at sammenlign brønd 2 og 4.
Skriv et svar til: Lambda-DNA i gelelektroforese?
Du skal være logget ind, for at skrive et svar til dette spørgsmål. Klik her for at logge ind.
Har du ikke en bruger på Studieportalen.dk?
Klik her for at oprette en bruger.