PI for peptider

Altså du har et dipeptid AH (Ala-His= Alanine - Histidine)?

Du tager din elskede smartphone (og det må ikke være en iphone for de har ikke app'en) og så downloader du, noget nær verdens bedste app: Biochemistry Lab Suite

Den siger at det isoelektriske punkt for Alanine-Histidine er 6,79

Okay du må ikke have din smartphone med til eksamen, så istedet finder du din bog frem. Hvis din bog hedder Stryer, og det ovenikøbet er den flotte blå udgave (6. udgave) så står pKa værdier på side 33.

Så tager du dem:

His = 6, N-term = 8 og C-term = 3.1

(6+8+3.1)/3=5,7 = pI

Hvorfor fik jeg en helt anden værdi end min app? Det er fordi at sidekæders pKa influerer hinanden og derfor er den her metode ikke perfekt, men bedre end ingenting.

Måske er de pKa værdier angivet heller ikke helt korrekte (de er jo ret runde), men du kan selv se om de kan findes mere præcise og måske, får du et resultat der ligner 6,79 lidt bedre.

Jeg må ikke bruge computer eller mobilen.

Jeg har en tabel over pk værdier , men det er helt andre fra dine....?
Skal man tage PK værdi af alanin men kun C terminal og plus den sammen med N terminal og sidegruppen af histidin , til sidst dividere med 3 og ikke 2?

Hvad er dine pKa værdier? pKa for histidine svinger mellem 6 og 6,5 anpå miljø. Cterm svinger mellem ca. 3 og 4 anpå miljø, og jeg kan ikke huske hvordan Nterm svinger, men brug de pKa værdier der er står i din bog.

For alanin skal du tage pKa værdien for en carboxylsyre, og for Histidine skal du tage både pKa for dens imidazole ring og Nterm. Altså skal du dividere med 3 fordi du tager 3 pKa værdier.

Alanin -pks C gruppe : 2,3 og N gruppe:9,9
Histidin pks C gruppe :1,8 og N gruppe :9,3. Og sidegruppen :6

Dvs (9,9 + 1,8 + 6) : 3 = 5,9

Jeg tænker at C gruppe på alanin er optaget så du mener vist N terminal , og C plus side gruppe for histidin - jeg skrev også forkert første gang :-)