vmaks og km

Nonlinear regression er at foretrække (hvor du indsætter de parametre du ønsker at bestemme via: v(0)= Vmax*[S]/([S]+Km). Men hvis du ikke har et program hvor du selv kan definere en regression (fx Graph) så kan du istedet bruge et Eadie-Hofstee diagram (v(0) plottet mod v(0)/[S]), et lineweaver burke plot (1/v0 plottet mod 1/[S]) eller  Hanes-Wolf plot ([S]/v(0) plottet mod [S]). Der er fordele og ulemper ved de forskellige plots, og når jeg ikke har mulighed (eller gider bruge tid på) et nonliniært plot bruger jeg normalt Eadie-Hofstee, men de andre er også acceptable.

kan det ikke gøres på excel?

Hvis der gælder relationen

v₀ = V_max·[S] / ([S] + K_m)

hvor man skal bestemme konstanterne V_max og K_m ved regression på et sæt sammenhørende
data ([S] , v₀) , kan man måske benytte, at

(1/v₀) = 1/V_max + (K_m/V_max)·[S] .

Man forventer her en lineær sammenhæng mellem (1/v₀) og [S]:

(1/v₀) = A + B·[S] ,

 og man kan derfor bestemme konstanterne

A = 1/V_max   og B = K_m/V_max

ved lineær regression på en ([S] , 1/v₀)-tabel. Når konstanterne A og B er bestemt, finder man så

V_max = 1/A , og K_m = B/A .

Ja. Lad os sige at du har v(0) i kol a og [S] i kol b. Så kan du lave dine data til det plot du vælger i kol c og evt. kol d, fx for Hanes-Wolf plottet:

kol c = [S]/v(0) = AX/BX.

Så plotter du dine data (kol c vs kol b) og får (forhåbentligt) en liniær graf. Herefter indsætter du en tendenslinje, og får formel og R^2 værdi ud.

Ud fra formlen kan du så regne Vmax og Km ud:

V(0) = Vmax/(1+Km/[S]) => 1/v(0) = (1+Km/S)/Vmax => [S]/V0 = ((1+Km/[S])/Vmax)*S= ([S]+Km)/Vmax

altså: [S]/v(0) = [S]/Vmax + Km/Vmax

Analyse af skæringer:

Skæring med y-aksen: [S]/V0 = Km/Vmax, Skæring med x-aksen: [S] = -Km

Hældning = 1/Vmax

Så har du altså 3 ligninger med 2 ubekendte så det burde være til at klare ;)

jeg forstår ikke hvordan man skal lave grafen. Jeg får nemlig ikke en lineær graf

Der var lige et par tastefejl i #4. Den lineære relation er

(1/v₀) = 1/V_max + (K_m/V_max)·[S]^-1 ,

så man forventer en lineær sammenhæng mellem (1/v₀) og [S]^-1 :

(1/v₀) = A + B·[S]^-1 ,

og der laves lineær regression på en (1/[S] , 1/v₀)-tabel.

Det lyder indviklet

#7

Ud fra en tabel i Excel med [S] og v₀ i kolonnerne, kan man hurtigt lave en ny tabel med 1/[S] og 1/v₀ i kolonnerne. Man plotter de to sidste kolonner mod hinanden og indsætter en tendenslinie med en lineær model.

ah okay.. og derudfra kan man beregne vmax og km?

#9

Ja, som vist i #3, nederst (med rettelserne i #6).