Aminosyresekvenser: baser og transkriptionsinitiering

Spørgsmål 1: Du kigger på en DNA sekvens af et gen, fordi det netop er basen T og ikke U, hvilket det ville være efter en transkription via RNA-polymerasen. Så 5'-UTR er den ikke kodende region af et gen, altså den del som IKKE er et exon. UTR står for Untranslated Region. For at finde antallet af baser, længden af 5'-UTR i genet, laver du et simpelt regnestykke. Exon 1 starter på base nr. 1183 fordi du kan tælle tilbage fra linjen som starter ved 1201. Nu ved du det, derfor er den afbildet 5'-UTR netop 1182 baser lang, fordi det er alle baser som er forudgående for Exon 1. Det er selvfølgelig antagelsesvist, at hele 5'-UTR er vist i genudsnittet, hvilket ofte ikke er tilfældet, men den lader vi nu en gang ligge.

 Spørgsmål 2: I position 1157 ligger der nemlig det sidste T i TATA boxen. TATA boxen er ikke som sådan en box, forstået at det ikke er en kasse, men en sekvens på 4 baser som oftest har udseendet "TATA". Når den udskiftes til et G, vil der dermed IKKE være en TATA box. En af TATA boxens funktioner er netop at binde proteiner som kaldes for transkriptionsfaktorer. Disse proteiner igangsætter(initierer) transkriptionen oftest. Er der ikke nogen TATA box kan transkriptionsfaktorerne ikke binde til gensekvensen og der kan altså IKKE laves mRNA. Altså forhindres transkriptionen. Der er ingen terminering fordi der slet ikke i første omgang er initering. Terminering forudsætter en initiering. Tænk på det som, at du kan ikke bremse en bil, hvis den står stille. Så svaret er såmænd rigtigt nok.