Aminosyreester og ladning

Hejsa,

 1. Aminosyresekvens
Peptidet ser ud til at bestå af følgende aminosyrer (fra venstre mod højre):

1. Arginin (Arg, R): Det første aminosyrerest har en guanidin-gruppe (C=NH₂) forbundet til en sidekæde, som er karakteristisk for arginin.
2. Valin (Val, V): Den anden aminosyrerest har en isopropylgruppe (CH(CH₃)₂) i sidekæden, hvilket er typisk for valin.
3. Asparaginsyre (Asp, D): Tredje aminosyrerest har en carboxylsyregruppe i sidekæden (-COOH), som er karakteristisk for asparaginsyre.
4. Leucin (Leu, L): Den fjerde aminosyrerest har en isobutylgruppe (CH₂CH(CH₃)₂) i sidekæden, hvilket er typisk for leucin.
5. Isoleucin (Ile, I): Femte aminosyrerest har en forgrenet sidekæde (CH(CH₃)CH₂CH₃), karakteristisk for isoleucin.

 2. Ladning ved forskellig pH
Ladningen af peptidet afhænger af pH, og hvordan aminosyrernes sidekæder protoneres eller deprotoneres:

- Ved pH 1 (sur pH):
  - Arginins guanidin-gruppe er protoneret (positivt ladet).
  - Asparaginsyre har en protoneret carboxylgruppe (neutral).
  - Den terminale aminogruppe i peptidet er protoneret (positivt ladet).
  - Ingen af de andre aminosyrer har ladede sidekæder ved lav pH.
  - Samlet ladning: Positiv.

- Ved pH 7 (neutral pH):
  - Arginin er stadig protoneret (positivt ladet).
  - Asparaginsyre er deprotoneret (negativt ladet).
  - Den terminale aminogruppe er protoneret (positivt ladet).
  - Den terminale carboxylgruppe er deprotoneret (negativt ladet).
  - Samlet ladning: Neutral (positiv og negativ ladning går op).

- Ved pH 12 (basisk pH):
  - Arginins guanidin-gruppe kan forblive protoneret ved denne pH, men kan også begynde at deprotoneres (potentielt neutral).
  - Asparaginsyre er deprotoneret (negativt ladet).
  - Den terminale aminogruppe kan miste sin proton og blive neutral.
  - Den terminale carboxylgruppe forbliver deprotoneret (negativt ladet).
  - Samlet ladning: Negativ.

 3. Bindinger i alpha-helix
I alpha-helix strukturen er der hydrogenbindinger, der stabiliserer helixstrukturen. Disse bindinger dannes mellem carbonylgruppens oxygenatom (C=O) i én aminosyrerest og aminogruppernes hydrogenatom (N-H) i en anden aminosyrerest, der typisk er 3-4 aminosyrer længere fremme i sekvensen.

- For eksempel en binding mellem oxygenatomet i C=O-gruppen i aminosyre 1 og hydrogenatomet i N-H-gruppen i aminosyre 4.