Koffein - funktionelle grupper.

http://www.google.dk/search?gcx=c&sourceid=chrome&ie=UTF-8&q=Functional+group+caffeine

http://www.netdoktor.dk/sport/doping/artikler/koffein.htm
http://www.kaffeguiden.dk/kaffeleksikon/koffein-kaffe.html

Lige det bedste jeg kunne finde frem inden dynetid, jeg håber det hjælper dig lidt på vej, Netdoktor er en fantastisk side at finde information omkring fysiologi, sygdomme mm.

\\Christian

Tusind tak. Kigger lige på det :)

Jeg har kigget på det og det er meget redegørende hjemmesider. Det er fint, hvis man skal have basal viden indenfor området.

Dog tænkte jeg på, hvad de funktionelle grupper i koffein kan bruges til - om de kan binde sig til nogle specielle stoffer eller lignende. Jeg ved at koffein påvirker CNS, så måske en uddybning af dette kunne være perfekt!

Ellers tak @Crushhymn

Mht. funktionelle grupper og betydning for koffeins effekt på CNS skal du passe enormt meget på med, hvor du træder. nogle folk går umådeligt meget op i den slags. Som tommelfingerregel: de fleste kemikalier, der påvirker CNS, gør det oftest igennem inhibering eller aktivering af proteiner eller receptorer.

Om ikke andet, så findes der en fin oversigt over koffeins effekt her: http://emedicine.medscape.com/article/1182710-overview#aw2aab6b5

Hej igen Buschii.

Jeg har lavet lidt research og kom frem til at adenosine A2 (som beskrevet i ovenstående link) er blevet udkrystalliseret eksperimentelt imens det binder til koffein. Jeg brugte deres data i et visualiseringsprogram til at lave to billeder til dig.

En ting, du lige skal være opmærksom på, er at bindingsordner og hydrogenatomer ikke fremkommer på de her rå data, men de kan sagtens bruges til en billedlig forståelse.

Det øverste billede viser dig koffein-molekylet i dens bindingslomme (koffein vist i ball&stick form). Jeg kan ikke umiddelbart se, om der er nogle hydrogenbindinger, men der ser ud til at være et π-overlap mellem en af phenyl-sidekæderne og koffeins aromatiske gruppe (det er nogle gange favorabelt for aromatiske systemer at ligge ovenpå hinanden i en sandwhich form). Det kan også godt være, at der er en hydrogenbinding mellem ASN-253 i proteinet (ikke vist på billedet) og en af koffeins carbonyler, men man kan sku aldrig være helt sikkert. Om ikke andet, lad vær med at drage for mange konklusioner på, hvad det præcist er, men det er helt ok at nævne, hvad det måske kan være. Jeg tror den aromatiske interaktion spiller en rolle for bindingen.

Om ikke andet, så kan du tydeligt se på det andet billede, som viser proteinet set oppe/nedefra (de snoede bånd illustrerer α-helicer i proteinet), at koffein ligger sig midt imellem den tunnel, som proteinet ellers udgør. Jeg vil mene det er den blokade, som de angiver i ovenstående link.

Hvis du er interesseret i kilder, så har jeg strukturen herfra: http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3RFM

Håber det hjalp bare lidt.

Hej Phienix.

Tusind tak for dit svar!

Jeg vil gerne lige lave lidt mere research inden for emnet før jeg svarer tilbage på det ellers yderst fine svar!
Grunden til dette er, at det har en stor betydning i min SRP, som jeg lige er startet på og som skal afleveres om ca. en måned og jeg har ikke sat mig ordentligt nok ind i materialet endnu.

Må jeg eventuelt få din email, så jeg kan kontakte dig den vej eler senere?

Mvh. 

Nikolaj

#6 - ja, jeg sender dig en intern meddelelse.