kortlægning af menneskets arvemateriale

Ja, godtnok er menneskets DNA kortlagt, men DNA'koden er i sig selv ikke en 100% korrekt skabelon for proteinerne. Når RNA-polymerasen afkoder en DNA-streng vil processen i visse tilfælde ikke foregå i en pæn linier retning ned langs strengen. Derimod vil den folde DNA'et op i loops op springe visse segmenter af strengen over hvorved det præmature RNA ikke vil have samme kode som DNA-skabelonen.
Efter dette vil der foregå endnu en afklipning af introns så kun exons forekommer. Dette er logisk nok i sig selv, men oftest vil dele af introns medgå eller dele af exons blive klippet ud så mRNA'et igen ikke er ens med den "korrekte" exons-sekvens. Ved T-celle-receptoren og antistoffers dannelse ses der endda yderligere en tilfældig indsættelse af nucleotider i mRNA'et uden nogen form for pro-kodning fra en DNA-skabelon.

er disse loops noget som ofte dannes eller kan man kalde det en slags "mutation" altså ikke ordret, men er det en "fejl"?
Vil det sige at den sekvens der koder for et bestemt protein ofte også inde holder introns? troede ikke dette var kodende?

Nej, det er ikke fejl i kodningen men en modifikation i kodningsmekanismen så kroppen kan få en større diversitet ud fra en DNA-kode.
Og, ja der observeres ofte at der er extra stykker af introns med i det endelige mRNA. Exons og introns-formuleringen er som alt andet i naturvidenskabens verden en grov, men simpel forenkling af de egentlige processer, selvom disse er meget mere komplicerede end det fremgår af basis-teorien. Ofte bliver exons også klippet med ud sammen med introns, en proces der bl.a. regulerer hvilken type antistof B-cellerne ender ud med at danne (IgG, IgM, IgA, IgE eller IgD).

men vil det så sige at det er menneskets DNA der er kortlagt, og fordi der fra DNA til protein sker nogle processer som gør at DNA ikke danner den nøjagtige komplementere RNA streng som koder for det protein man får, er det ikke muligt at bestemme hvad de forskellige sekvenser koder for?

af bl.a. den grund synes det da ret umuligt at kunne designe et menneske?

jo, oftest kan man godt se ud fra kode-sekvensen hvilket protein der kodes for, i hvert fald hvilken del af et kromosom hvorfra proteinet stammer. Processerne mht. til den komplicerede proteinkodning fra DNA er hovedsageligt noget der forekommer efter første trimester i graviditeten og fremefter, altså efter de strukturelle og essentielle komponenter af den menneskelige krop er udviklet. De fungerer mere som en regulatormekanisme for forskellige ligevægtssystemer i kroppen, end egentlig kodning for udseende eller form af kroppen som jo er faktorer man jo netop vil udnytte ved "designer-børn". De gener man vil påvirke ved designer-børn er derfor de gener der hovedsageligt kommer til udtryk i første trimester, fx øjenfarve, hårfarve osv. Disse gen-sekvenser er velundersøgt så man kender stort set koden for de forskellige udfald og der er derfor man kan designe sig frem til de førnævnte faktorer. Men igen, det er en kompliceret proces der ikke er til at styre 100% - hvilket jo også viser sig ved at langt størstedelen af de kunstigt befrugtede æg, hvor man vel at mærke blot kunstigt har indført en sædcelle uden nogen form for gen-modifikation, vil gå til grunde.